肠瘘的诊断主要依靠腹部的B超或者CT，必要时也需要依赖于肠道造影。

当患有肠道外伤、严重的肠道炎症、肠道恶性肿瘤以及肠道术后感染时，可能会引起肠壁破损，从而形成肠腔与外界的异常通道，引起肠瘘。肠瘘发生后，肠道内容物溢出肠腔，引起腹腔感染、剧烈的腹痛以及其他的一些全身性的症状体征。

当怀疑有肠瘘症状后，需要及时的行腹部CT或B超检查，明确肠瘘发生的部位，以及瘘口的大小，多数肠瘘可明确诊断。少数位置隐蔽或者不明显的肠瘘可能需要依赖于肠道造影进行诊断。