对于瘘口较大且无自愈可能的肠瘘是需要手术治疗的。

影响肠道瘘口愈合的主要因素是营养和感染。首先应给予充足的营养及充分的引流控制感染。等瘘口的水肿消退之后，如果瘘口较大，后期则需要手术切除瘘口，重新吻合将肠管重新接起来。假如是一些较小的瘘口，可以慢慢的自己生长愈合。

但是如果营养无法满足瘘口生长或感染，无法得到控制，肠瘘手术后仍有可能出现新的吻合口肠瘘，这样就比较麻烦，病程比较长。