腱鞘囊肿可能会自愈，主要见于临床症状较轻、囊肿较小的患者，囊肿可能会自行消退。如果囊肿较大，病程时间长，引起的疼痛比较严重，则不会自愈。

对于长期不能自愈的腱鞘囊肿，可考虑进行注射器穿刺抽取，使用注射器穿刺进入到囊腔内，抽取囊腔内的液体，然后向囊腔内注入糖皮质激素类的药物。在穿刺完毕后还需进行加压包扎，通过大概三次的穿刺抽取，大多数腱鞘囊肿都能治愈。

如果穿刺抽取效果不佳，腱鞘囊肿特别顽固，反复发作，还可以考虑进行手术治疗。