早晨肚子疼醒，具体应如何治疗，要根据具体的原因作判断。

如果是由于上腹部疼痛，考虑到是胃部疾病，这时应适当服用保护胃黏膜的药物，或者助消化的药物进行治疗。如果是下腹部疼痛，多半是由于肠道炎症而导致，通常表现为隐痛，这时应给予抗炎类的药物进行治疗。夜间受凉也会导致清晨起来腹部疼痛，这时只需注意保暖就可。

如果只是阵发性的无需特别担心，如果是经常性发生，建议及时去正规医院做进一步的检查，查明具体的病因。