对于淋菌性尿道炎并发症主要是引起男性患者泌尿生殖系统淋菌性的一个炎症，对于女性患者也会导致淋球菌感染的妇科病，对于男性患者淋球菌在尿道当中会上行进入到膀胱、前列腺以及男性的精囊、附睾、睾丸，从而导致睾丸炎、附睾炎等等。

在严重的情况下会影响精子质量，如果长期久治不愈会导致患者不孕不育，同时如果夫妻双方交叉感染，男性的淋球菌尿道炎会进入到女性的阴道、子宫、宫颈以及腹腱导致女性妇科疾病，同时也是不孕不育的重要原因之一。