大便有吞噬细胞，说明目前肠道存在炎症感染，可能是细菌感染引起，也有可能是病毒感染引起。

细菌感染主要是引起急性肠炎，因为大量的细菌在进入肠道之后会进行繁殖，而且会释放大量的毒素，就会产生大量的炎性细胞浸润肠道黏膜，其中就包括吞噬细胞，从而引起急性肠炎。

而病毒感染主要是轮状病毒引起的腹泻，当病毒侵入到肠道之内，会对肠道黏膜造成一定的损伤，出现大量的炎性细胞，其中也包括巨噬细胞。

目前，需要根据致病菌进行抗病毒治疗，或者是抗菌治疗，消除炎症，改善症状。