牙床骨咬合疼痛可以采取以下方法处理：

1.如果疼痛明显，要尽量少吃硬的食物，可以多喝一些流食或半流食的食物。

2.如果局部有红肿，考虑牙龈发炎。可以口服一些消炎的药物治疗，比如罗红霉素分散片或甲硝唑胶囊。如果疼痛明显，可以口服布洛芬缓释胶囊。

3.如果疼痛明显经常出现，考虑是咬合关系不好造成，需要到口腔正畸科进行矫正。当矫正好了以后，疼痛也会逐渐好转。

所以，牙床骨咬合疼痛，考虑是以上几种原因造成，需要到口腔科进行面诊，明确具体的原因，再针对病因进行治疗。