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小儿胆管炎的主要病因为胆汁滞留与细菌感染。胆汁滞留多因胆管梗阻造成,常见的梗阻因素有胆道先天性或炎性狭窄、胆肠吻合术后狭窄、返流及寄生虫引起的胆总管括约肌痉挛。细菌可经血液、淋巴、肠道或邻近器官而侵入胆囊与胆管。
引起炎症的细菌,以大肠杆菌为主。其它有葡萄球菌、溶血性链球菌、变形杆菌等,亦可为混合感染。
还有一部分的小儿胆管炎继发于肝脓肿和胰腺炎,这种情况相对较少见,临床症状通常与原发病相似而被忽视。
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