疱疹和手足口虽然都是属于病毒感染而导致的皮肤损害，并且都具有一定的传染性，但是两者仍然具有明显的区别。

疱疹所感染的病毒属于疱疹病毒，而手足口病所形成的病毒感染属于肠道病毒，或者是柯萨奇病毒等。

疱疹所形成的皮肤损害，除了发生在手足部位，可能还会产生在嘴唇周围、生殖器部位，或者是出现其他的神经走向的带状分布的部位，而手足口病所发生的部位，大多只是局限于手掌、足底，或者是口腔内部的一些炎症性损害。有的时候可能只是发生在臀部，同时伴有明显的发热，但是疱疹不一定都会产生发热。