嗓子吞口水的时候有疼痛感，具体应当如何处理，要根据病因判断。

咽喉部位如果存在异物，早晨吞口水的时候刺激到异物，或者是引发异物的位置变化，造成疼痛感，需要通过将异物取出的方式处理。

如果是因为嗓子部位细菌或者是病毒等感染造成黏膜肿胀，吞口水的时候刺激到肿胀的黏膜而引发的疼痛感，可以通过口服抗病毒或抗生素药物的方式缓解。

不同病情引发吞口水时的嗓子疼痛感，治疗方式不同，不可以一概而论。