肛瘘手术并不会影响生育，肛瘘手术的范围主要为肛管直肠周围，并不会损伤男性或者女性的生殖系统，所以并不会导致不孕。

而且肛瘘并无法自愈，患者会出现肛门周围反复的肿痛以及流脓症状，没有及时治疗，就有可能因为反复的感染，将单纯性的肛瘘变成复杂性的肛瘘，增加后期治疗的难度。

而且如果病变范围广的肛瘘，会因为周围组织的纤维增生而造成肛门括约功能受损，严重的会造成肛门失禁。反复的炎症刺激也有可能导致局部组织变性，甚至癌变，所以肛瘘患者应及时行手术治疗。