先天性的食管囊肿是胚胎期的残余组织，属于较少见的食管良性肿物。

发病率仅次于食管平滑肌瘤居第2位，绝大多数位于食管壁内，这种食管囊肿一般不引起胃肠功能的紊乱，不过当病变增大压迫周围脏器可产生相应的症状。

患者有对疾病的心理压力时，也可出现胃肠功能紊乱的状况，但是不是由于疾病本身造成，而是后天性的食管囊肿本身就是由于解剖部位的功能发生障碍引起的，这种食管囊肿一般都伴有胃肠功能的异常。