食管囊肿是不会引起胃肠功能紊乱的。

食管囊肿是食管壁内的良性病变，一般起源于黏膜下层，可以突出腔内，也可以向腔外生长，一般不会有特殊的症状，体积较大的食管囊肿可能会出现吞咽困难、反酸等症状。

而胃肠功能紊乱是指功能性胃肠病，需要除外胃肠道器质性病变后才可以考虑，临床症状多种多样。食管囊肿本身就是器质性病变，只不过食管囊肿生长缓慢，体积较小时没有症状，可能与胃肠功能紊乱同时存在，误以为是胃肠功能紊乱的诱因。

所以，食管囊肿是食管疾病，与胃肠功能紊乱是两种独立的疾病状态，不会导致功能性胃肠病的出现。