肛门内有小肉疙瘩，有以下几种可能性。

第一，就是内痔，内痔的主要症状为便时、便血，伴有肿物突出，一般疙瘩都比较偏软，是静脉的曲张所导致的。如果症状不重，不需要特殊的治疗。

第二，有可能是肛乳头瘤或者肛乳头肥大，慢性的炎症刺激，会导致正常的肛乳头出现增生、肥大。严重的也会在排便时脱出肛门外面，质地偏韧，表面光滑，肛乳头大到一定程度，需要行手术切除。

第三，肛门内尖锐湿疣，是属于一种病毒感染的性传播疾病。所以患者还是应及时去医院就诊，明确性质，再采取相应的治疗。