结肠瘘发生的部位和病变部位有直接关系。结肠瘘大多发生于手术及创伤后，手术主要的原因是由于结肠行肠道吻合术后的吻合口瘘，所以其发生部位和吻合口所处的位置直接相关。

外伤所导致的结肠瘘位于损伤的部位，克隆恩病所导致的结肠瘘，由于其病变位于末端回肠以及盲肠，所以瘘的部位发生于结肠的起始段。临床上比较少见的老年便秘，所导致的结肠瘘发生于乙状结肠。

由于成型粪便积存于乙状结肠，长期压迫结肠会导致结肠局部缺血、坏死、穿孔，而导致结肠瘘的发生。