慢性胃肠炎主要是抗感染、纠正电解质和酸碱失衡治疗。确认有细菌感染，可遵医嘱给予抗生素治疗，例如使用庆大霉素等，如果出现上腹饱胀，可遵医嘱服用莫沙必利等胃肠动力药。

对于药物不能逆转或有恶变倾向的一些黏膜病变，可在内镜下进行黏膜剥离或切除。如术后在切缘发现癌变或癌组织浸润深，需进行外科手术，少数患者可能需要抗抑郁或抗焦虑治疗。

慢性胃肠炎一般症状较轻，大多预后较好。如果病情反复发作，内镜检查和病理活检是十分必要的手段，防止某些黏膜病变恶变、早诊早治。