巨结肠发炎可以应用抗生素治疗，也可以服用益生菌改善肠道紊乱的功能，补充营养，促进黏膜再生修复。

巨结肠属于先天性疾病，小儿中常见，婴幼儿皆可发病，主要是因为肠壁神经缺失引起。如果巨结肠发炎，治疗上跟普通结肠炎治疗措施差不多，主要是抗感染治疗，另外也要避免吃辛辣刺激性的食物，饮食上要清淡容易消化。

因巨结肠容易引起便秘，因此饮食上要注意多食用纤维素含量多的食物，如果发生了肠梗阻应该及时到医院治疗。平时如果只是便秘，可以多观察，用一些药物进行干预。