咽口水的时候如果扁桃体有疼痛感，建议通过下列几个步骤处理：

首先，到医院进行咽喉部位的检查，明确扁桃体表面是否有溃疡，或者糜烂等表现，是否存在急慢性的扁桃体炎症感染，或者扁桃体结石等刺激。

其次，根据上述的检查结果，在明确造成扁桃体疼痛的病因后，可以通过选用促进表皮因子生长的药物、抗生素类的药物，进行相关的治疗。

如果存在扁桃体的肿大或者严重的扁桃体结石，还可以通过手术的方式对结石进行处理，或者对扁桃体进行切除。规范化治疗之后，吞咽口水时扁桃体的疼痛感就会逐渐好转。