病理性囊肿绝大部分情况下都是良性的，恶变的概率较小，但是还是有可能出现恶变的。

卵巢囊肿大部分都是生理性的，少部分是病理性的囊肿，比如皮样囊肿，也叫成熟性畸胎瘤，是胚胎来源的细胞所构成的，恶变的概率大概2%~4%。卵巢囊腺瘤是比较常见的卵巢囊肿，里面含有液体可以发生恶变，变为交界性的恶性肿瘤或者囊腺癌。

卵巢子宫内膜异位囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢而形成的，又叫巧克力囊肿，恶变的概率也比较低。