卵巢囊肿的良恶程度与卵巢囊肿的大小是没有绝对关系的，有可能很大的卵巢囊肿是良性囊肿，也有可能很小的卵巢囊肿就已经发展为恶性的肿瘤。所以，不能单从卵巢囊肿的大小来判断良恶性。

一般卵巢生理性囊肿大多数是小于5cm的。所以，如果卵巢囊肿大于5cm要引起重视，有可能是病理性的囊肿，但并不一定是恶性的囊肿。卵巢囊肿的良恶性可以通过超声检查进行初步判断。

良性的囊肿大多数是呈现均匀的无回声区，而恶性的肿瘤则有可能会出现囊内有乳头或者是有血流信号。另外，还可以结合肿瘤标志物进行判断，包括CA125、CA199等，也可以帮助判断卵巢肿瘤的良恶性。