菜花耳的治疗，如果从引发疾病的病因角度来说是可以除根。

因为菜花耳主要是由于耳部或耳廓皮肤出现了较为严重的感染性病变，或者是长时间受到挤压或者是碾挫等的损伤引发。因此，及时地纠正对于耳廓皮肤的外力影响，同时使用抗生素等药物进行抗炎治疗，是可以根除引发菜花耳的原发性疾病。

原发性疾病一旦得到有效控制，菜花耳的病变也会随之暂停。但是对于已经形成的菜花耳，由于耳软骨已经出现了坏死，且形成了纤维结缔组织，因此通常无法除根。