移植第三天肚子隐隐作痛，是因为受精卵着床或者体内孕激素水平低引起。

移植第三天受精卵开始在子宫内着床，这时候胚胎通过定位、黏附和穿透这三个阶段植入到子宫内膜，完成着床的过程。在这个过程中，有的孕妇会感觉到肚子疼痛，这是正常的生理现象。但有的人可能是体内孕激素水平低，子宫敏感性增高，引起子宫过度收缩导致。

所以，移植后的女性在临床上常规需要给予孕激素药物治疗，防止流产现象发生。