在患者出现孤立性直肠溃疡综合征的病情发作时，常用的药物主要是针对患者的病情选择合适的药物。

在患者出现有急性炎症感染时，可以选择使用抗生素类药物进行治疗。在患者出现有肠道出血的症状时，需要联合使用云南白药等止血类药物治疗。也可以根据患者的病情，选择合适的粘膜保护类药物进行治疗。

有些患者在使用应用容积性泻药、或者使用类固醇激素进行灌肠时，也可以取得一定的治疗效果。