膝盖蹲下疼可以挂以下几个科室进行就诊和治疗：

1.骨科。对于没有分科特别细的医院，可以挂骨科进行膝盖的诊断和治疗。

2.可以挂运动损伤科。如果是由于半月板损伤而导致的膝盖的下蹲疼痛，这时可以到运动损伤科进行就诊，拍摄膝关节的核磁共振进行诊断，根据半月板损伤的类型以及程度给予相应的治疗，必要时还需要用关节镜微创的手术治疗。

3.可以挂疼痛科进行治疗。如果是由于膝关节周围的韧带软组织的损伤导致的膝盖蹲下的疼痛，这时可以在疼痛科进行诊断，给予相关止痛的治疗。