关节结核多数是继发性的，主要会导致关节结构的破坏、关节功能的丧失，严重的可能导致截肢而造成终身的残疾。另外，脊柱的结核如果损坏了脊髓，严重的是会导致截瘫的。

骨关节结核在发病最早期仅仅表现为单纯的滑膜结核或骨结核，不累及关节软骨。如果这个阶段控制病情，对于关节功能不会造成影响。如果进一步发展，结核病灶到达关节腔内，会破坏关节内结构，继发感染，这种情况下治疗难度非常大。而关节已经完全破坏，会出现严重的关节功能障碍。

关节结核多发生在脊柱、膝关节和髋关节等负重的关节部位。