临床上最常见的引起肛周脓肿的疾病就是肛窦炎。肛窦位于肛隐窝处，肛隐窝就像一个漏斗，粪便及异物特别容易积存在此处。

如果肛窦隐窝受到损伤，发生细菌感染，就会发生肛窦炎，炎症顺着肛腺导管扩散，蔓延至肛门周围的组织及肛周皮下，逐步形成肛周脓肿。

糖尿病、白血病及一些免疫力低下的患者，因为特别容易受到细菌感染，肛窦炎的发病几率就比较高，所以特别容易发生肛周脓肿。便秘时干结质硬的大便在通过肛隐窝容易损伤肛窦，从而发生肛窦炎，所以便秘也会导致发生肛周脓肿。