肛周脓肿和肛周囊肿还是有本质的区别的，肛周囊肿在临床上最多见的为皮脂腺囊肿或者表皮样囊肿，其如果没有急性感染的，大多并不伴有局部的红肿热痛症状，囊肿可高出皮肤表面，边界欠清，质地偏软，比如皮脂腺囊肿是由于皮脂腺开口堵塞，反复的局部感染导致里面积聚一些皮脂腺分泌物，像豆腐渣样的；而肛周脓肿是由于直肠内肛腺感染所导致的肛管直肠周围一些间隙的化脓感染性疾病。患者会出现严重的红肿热痛症状，局部质地偏硬，有些脓肿位置偏高的患者会表现为肛门坠胀不适，反复的便意以及发热等全身症状。

肛周囊肿和肛周脓肿在临床上都需要行手术治疗，但其手术原理并不一样。肛周脓肿需要将脓腔切开引流；而肛周囊肿可以行手术，将囊肿完全剥离切除。