肛瘘手术后会不会完全好，得看手术是否成功。肛瘘手术成功与否，就看术中是否能将肛瘘的内口准确定位，并进行挂线处理。如果能准确定位并处理好内口，术后很快就会完全恢复。

但如果未找到内口，没处理好内口，术后内口仍然会反复出现感染，从而导致肛瘘不能完全恢复。

所以在肛瘘术前要充分评估肛瘘的病情，如果是高位的复杂性肛瘘，尽量做瘘管造影，将内口的位置及瘘管的走行确定好之后再进行手术，这样才能提高肛瘘手术的准确率。