高密度脂蛋白主要作用是将肝脏以外组织中的胆固醇转运至肝脏进行分解代谢，使血清中的游离胆固醇在高密度脂蛋白中转化为胆固醇酯，可以防止游离胆固醇在动脉壁和其他组织中的蓄积。高密度脂蛋白水平下降，不利于外周组织清除胆固醇，能够增加病人患有动脉硬化的风险。由于高密度脂蛋白与冠心病的发病呈负相关，所以高密度脂蛋白水平低的个体，患有冠心病、心脑血管疾病的风险就高于平常人。

高密度脂蛋白减低主要见于动脉粥样硬化、急性感染、糖尿病、慢性肾功能衰竭、肾病综合征以及应用雄激素、β受体阻滞剂和孕酮等药物。所以，对于高密度脂蛋白降低的病人应积极寻找其病因，并且要尽快去除上述病因。如果高密度脂蛋白持续降低，人体患有冠心病和脑血管疾病的风险将大大增加，不利于机体健康。