扁桃体发炎时最好不要做核酸检测。

一方面，虽然扁桃体发炎通常是由链球菌感染所引起的，而核酸检测是检测新冠肺炎病毒的RNA，但因为扁桃体发炎时通常需要服用抗生素或抗病毒的药物，可能会对核酸检测的结果造成一定的影响，因此扁桃体发炎时，非必需的前提下可以稍作延迟做核酸检测。

另一方面，进行核酸检测时通常采取的是咽拭子，而扁桃体发炎时进行咽拭子采样会加重咽喉部的不适。因此扁桃体发炎时不建议行核酸检测。