慢性肠炎患者因为长期的炎症刺激肠道，而引起胃肠功能出现紊乱，肠道内的菌群出现失调，大量的细菌与粪便发酵产生臭味的气体排出。

也有可能患者吃了过多容易产生臭味的食物，比如大蒜、洋葱、蒜苔，这些食物容易产生气体，并会产生一种臭味，从而形成放屁特别臭。如果吃了过多高蛋白的肉类、豆浆、牛奶，这些食物在肠道中会分解产生硫化氢等气体，引起放屁臭。

慢性肠炎的患者，会表现为腹泻与便秘交替的时候，粪便滞留在肠道内停留时间长会发酵，分解出大量的臭味气体排出。