卵巢囊肿引起的月经紊乱，需要手术把卵巢囊肿去除。部分卵巢囊肿如卵巢颗粒细胞瘤、卵泡膜细胞瘤会产生较高水平的雌激素，雌激素可促进子宫内膜的增生，引起月经紊乱。

此外，浆液性、粘液性囊腺瘤或勃勒纳瘤，有时也可分泌一定量的雌激素，引起月经紊乱。只有手术将这些卵巢囊肿去除以后，月经才会正常。部分的恶性肿瘤引起的月经紊乱，有时候还需要切除子宫及双侧附件。

卵巢子宫内膜异位囊肿也会引起月经紊乱，一般建议手术切除囊肿以后，再给予短效避孕药或者其它的药物进行治疗。