生化妊娠流产的原因有：

1.母体或者是男方的染色体有问题，就会造成胚胎无法着床，自然凋亡。

2.解剖方面的异常，例如单角子宫、子宫纵隔、残角子宫等，这样会影响孕囊的着床，造成生化妊娠。

3.宫腔内感染，比如弓形虫、风疹病毒、巨细胞病毒等，可能会影响到孕囊的着床。

4.母体可能存在有易栓症，比如血液处于高凝状态的情况下，就会影响胚胎以及绒毛的植入。

5.女性体内存在有风湿免疫的抗体，身体就会把妊娠囊当做是一种异物来进行免疫攻击，从而会造成受精卵无法着床。