怀孕40天到底是流产还是生化妊娠，要看受精卵是否着床成功，生化妊娠是指受精卵在输卵管形成之后，没有在子宫内着床成功，伴随着子宫内膜的脱落、阴道出血排出体外，并且生化妊娠做彩超不会看到孕囊。

而流产是指受精卵在宫内着床后，由于某些因素的影响导致流产的一个过程，通过彩超可以看到孕囊的存在。

对于生化妊娠的处理，一般就是观察，不做特殊的手术或者药物处理，而流产需要根据实际情况选择药物或者人工流产。不管是生化妊娠还是流产，都应该注意休息，把对身体的伤害降到最低。