海绵窦的血栓和脑干的梗塞关系不大。

海绵窦属于静脉系统，而脑干梗塞多是供应脑干的动脉血管的堵塞引起的疾病。由于一个是静脉系统，一个是动脉系统，不是直接沟通的，所以两者之间的关系不大，海绵窦血栓不会引起脑干的梗塞。

脑干是控制呼吸和心跳的组织。当出现梗塞的时候一般会引起严重的并发症，例如呼吸、心跳的不稳定、四肢活动的障碍等。所以如果条件合适需要积极的溶栓治疗。而静脉窦血栓是会引起静脉窦的增大压迫神经，引起一系列的临床的症状，同样也需要积极的治疗。