海绵窦血栓的后遗症会有眼球不能活动、眼睑充血、水肿。

由于海绵窦里有滑车神经、外展神经、动眼神经和眼动静脉通过，当海绵窦血栓时候，由于海绵窦水肿会压迫上述神经血管，待血栓恢复后可能上述神经不能恢复，从而引起后遗症。当外展神经受伤后会出现眼球不能向外活动。当动眼神经受损后，会出现眼球不能向上、向下、向内运动。当眼静脉被压迫后由于眼部血液不能回流，出现眼睑充血、水肿。

所以海绵窦血栓需要积极治疗，以免出现严重的后遗症，恢复后需要定期复查，从而了解恢复情况。