真菌性食管炎效果好的药物还是制霉菌素、克霉唑等，这些抗真菌的药物在临床应用的比较多一些。还有氟康唑胶囊，对于治疗真菌感染也会有着比较好的治疗效果的。

所以根据患者的体质不同，根据病情的不同来调整治疗药物。当然也要进行观察，确定哪种药物更好，就使用哪一种药物。最好的方法还是进行微生物培养加药敏试验，看患者的致病菌对哪种药物敏感，然后使用最敏感的那种治疗药物，这样应该效果是最好的。这种情况给患者中药治疗也有很好的效果。