真菌性食管炎多是由于患者的抵抗力弱有关系的，所以按中医的疗法，扶正固本应该是治疗本病的基本原则，如使用补中益气的汤药。还有一种属于体虚湿邪内生的患者，应该是以甘草泻心丸，再加上白术。如果患者有舌质红，可以加蒲公英、丹参饮等组方，也会起到比较好的效果。

当然如果想进行中药治疗的，还是找一个非常好的中医给患者辨证施治，通过辨证开出最适合患者服用的中药，因为中医讲究的就是整体治疗。当然如果中药调理效果不明显的，也应该配合西医的专业治疗，特别是在必要的情况下，口服抗真菌的药物的治疗等措施。