女生小腹两侧隐隐疼痛的原因主要有以下几方面：

1.附件炎。女性小腹两侧是输卵管和卵巢的生理解剖位置，如果这个部位出现隐痛，有可能是附件炎引起，可以通过彩超检查以及妇科检查进一步确诊。

2.局部淋巴结炎。下肢皮肤感染、肛周脓肿等可能会引起腹股沟淋巴结炎，也会出现小腹两侧隐隐疼痛。需要及时予以抗炎治疗。

3.剧烈运动。过度剧烈运动可能会引起下肢肌肉、韧带拉伤，也可能导致小腹两侧隐痛。可以通过局部热敷、按摩等方式予以缓解。

平时在运动前要适当热身，必要时佩戴护具减少损伤。