容易导致小儿细菌性肠炎的细菌有：沙门氏菌、金黄色葡萄球菌和致病性大肠杆菌等。

一般多出现在天气炎热的夏天，食物容易腐败而产生大量细菌，进食了这样的食物后细菌进入胃内没有被胃酸灭活，细菌进入肠道侵犯肠粘膜，导致腹泻、腹痛、呕吐甚至发热等症状。

另外，小儿肠炎还常见于病毒感染，比如秋季腹泻多为轮状病毒感染，食物原性过敏也常常引起肠炎，其它部位感染大量使用抗生素后，导致肠道菌群紊乱也会导致肠炎。