半夜醒来肚子疼，是因为腹腔脏器受到致病因素刺激后，引发的临床表现。

当各种致病因素刺激腹腔内各个脏器黏膜及神经时，会导致黏膜受损以及神经敏感度升高，使得出现肚子痛这种应激性反应。临床上常见的各种肠胃疾病、肝胆疾病、脾脏胰腺疾病、泌尿系统疾病，甚至女性的妇科疾病发病时，都有可能会导致出现半夜肚子疼痛症状。

需要根据患者既往病史，肚子疼痛的部位，伴随的其他临床症状，以及腹部彩超等相关检查结果来确诊病因，建议积极去医院急诊科就诊。