临床上胚胎染色体检查有很重要的意义。如果是因为有染色体异常或者是遗传病做第三代试管婴儿，即PGD技术，就要检查胚胎染色体。选择染色体正常的胚胎移植，以获取正常孩子，或者是阻断遗传病的代代相传。如果是反复流产的病人，刮宫时要做绒毛染色体检查，可以查明流产的原因是否因染色体异常引起的。如果两次以上绒毛染色体检查均为异常，即使父母双方染色体均正常，再次怀孕时，也要做PGS，即胚胎植入前遗传学筛查技术，要挑选染色体正常的胚胎进行移植。