怀孕早期引起胚胎停育最重要的原因就是胚胎的染色体异常，引起胚胎染色体异常的原因包括如下几方面。

第一、夫妻双方有染色体疾病，如果夫妻双方患有染色体疾病，那么形成的精子或卵子，就有可能遗传这种染色体的异常。精子和卵子结合以后形成受精卵就有可能携带染色体异常，造成胚胎停育。

第二个方面的原因就是夫妻双方的染色体正常，但是由于受到外界的影响，在形成精子和卵子的过程中染色体物质发生了错误分配，造成了染色体增多或减少，这样形成的受精卵也会出现染色体异常。

第三个方面的原因就是夫妻双方染色体正常，精子和卵子的染色体也正常，但是精子和卵子结合以后形成受精卵，在受精卵的发育过程中受到外界因素的影响，例如受到射线因素的影响，也会造成染色体的变异，也会引起胚胎染色体的异常。以上就是胚胎染色体检查异常的原因。