单纯性肛瘘只有一个内口、瘘管及外口。首先在查体时，肛门周围皮肤上只能见到一个外口。

充分润滑后用食指沿外口向肛缘方向触摸，仅可摸到一条明显的索条状物，说明瘘管表浅，为低位单纯性肛瘘。如果不能摸到索条，应行肛内触诊，说明位置较深，为高位单纯性肛瘘。

如果想确诊是否真的是单纯性肛瘘，可行瘘管造影。将泛影葡胺从外口注入，待其完全充满瘘管后，在X线下查看，就可明确瘘管的走行、分支及与周围组织的关系，这是诊断单纯性肛瘘的金标准。