单纯性肛瘘最主要的治疗方法就是手术治疗，任何肛瘘都需要通过手术才能完全治愈。

单纯性肛瘘可分为高位肛瘘和低位肛瘘，手术方法并不相同。单纯性低位肛瘘，一般行肛瘘切开术或者肛瘘瘘管切除术就可以完全治愈。

单纯性高位肛瘘，如果一次性将瘘管切开或者切除，有可能会导致患者术后肛门失禁，需要行挂线术。利用橡皮筋的弹性切割功能，将瘘管组织慢慢切开，防止术后肛门失禁。也可以采取微创的lift手术，尽量避免肛门括约肌的损伤。