男性小便疼可能与以下几种因素有关：

1.如果男性存在急性的尿道炎，会导致尿道损伤，就会引起排尿疼痛的症状，一般还伴有尿频、尿急等症状，通过尿液培养以及尿常规检查明确诊断，确诊后，应使用抗菌药进行治疗。

2.如果患有尿道结石疾病，在小便时，结石可能会在尿道内移动，会对尿道造成损伤，就会引起小便疼痛，还伴有排尿困难、血尿等症状。

3.如果男性的生殖器受到了明显的外伤，可能会导致尿道内的组织破损，在排尿时，也会出现排尿疼痛的症状。