男性小便很疼，应当先确定病因，再使用相应的药物进行治疗。

如果男性小便疼痛为急性尿路感染疾病所引起，比如急性膀胱炎或者是急性尿道炎，应使用抗菌性药物进行治疗，比如左氧氟沙星、环丙沙星。也可配合使用碳酸氢钠片碱化尿液、减轻疼痛的症状。经过2周左右的治疗，大多都可治愈。

如果男性小便疼痛为尿路结石所引起，在疼痛症状较明显时，可使用非甾体类抗炎镇痛药缓解，比如双氯芬酸钠、塞来昔布。也要通过泌尿系统B超检查确定结石的大小以及具体位置，然后进行排石治疗。