慢性肾盂肾炎是导致黄色肉芽肿性肾盂肾炎的原发病因，所以对于预防此病的关键，在于对肾盂肾炎的治疗。

黄色肉芽肿性肾盂肾炎同时会伴发肾皮质的化脓性感染，发生此病的患者多有慢性的基础疾病，比如糖尿病。基础疾病会降低患者的抵抗力，导致慢性肾盂肾炎的炎症向肾皮质扩散，而且如果基础疾病控制不佳，会影响抗炎的效果。

所以预防的关键首先要治疗基础疾病，同时对于肾盂肾炎要严格的控制炎症，预防炎症的转移是预防黄色肉芽肿性肾盂肾炎的关键。