黄色肉芽肿性肾盂肾炎是肾脏的慢性化脓性的炎症导致的，发病基础是慢性的肾盂肾炎。

慢性肾盂肾炎可以导致肾盂的结构破坏，形成瘢痕。而且肾盂的慢性炎症可以蔓延至肾皮质，导致肾皮质发生化脓性的炎症，多以散在的化脓性小脓腔为主，脓腔的炎症会刺激脓腔周围出现黄色肉芽肿性增生。

黄色肉芽肿性肾盂肾炎多以一侧的肾脏受累为主，发病人群以中年女性多见。主要的临床表现是反复的不规则发热，患者可以伴发肾结石，发生感染时可以出现腰痛的症状。