吞咽唾液的时候如果有疼痛感，可能是下列原因造成：

1.扁桃体部位或者是咽喉部位存在鱼刺等食物异物，吞咽口水的时候就有可能会对异物造成刺激，从而导致疼痛感出现。

2.扁桃体以及咽喉等部位，如果存在炎症感染或者是有过敏反应，例如正处于急慢性咽喉炎、急慢性扁桃体炎、过敏性咽喉炎等疾病的发作期，局部就会有明显的肿胀、烧灼或者是疼痛等现象。吞咽口水的动作对局部造成的影响，也有可能会引发疼痛症状出现。